La chiesa si trova lungo il viale del Re (oggi corso Vittorio Emanuele II), all’angolo con via Madama Cristina, adiacente all’Oratorio di San Luigi. Don Bosco sceglie di erigere una chiesa e un “ospizio con scuola per giovani poveri e abbandonati” in borgo San Salvario perché è iniziata una forte espansione della città, accelerata dalla costruzione della vicina stazione di Porta Nuova e di conseguenza si è verificata una concentrazione “del ceto popolare e povero”. Lo spinge inoltre il fatto che i valdesi, dopo l’emancipazione ottenuta con lo Statuto Albertino del 1848, hanno iniziato a costruire il Tempio, un ospedale e una scuola aperta anche ad alunni di fede cattolica per i quali le altre scuole cittadine sono lontane e scomode. Più tardi, nello stesso quartiere, sorgeranno la Sinagoga e la scuola ebraica, e oggi si trovano anche sale di preghiera islamiche. Il progetto della chiesa viene affidato all’architetto conte Edoardo Arborio Mella (1808-1884) che si ispira allo stile romanico lombardo (sec. XI e XII) e realizza un edificio a pianta basilicale a tre navate che può contenere fino a 2500 persone. All’ingresso una grande statua di Pio IX opera di Francesco Gonfalonieri (1830-1925) ricorda gli stretti legami spirituali tra Don Bosco e il Papa. La facciata, arretrata, crea un piccolo sagrato ed è dominata da un alto campanile. All’interno le decorazioni sono prevalentemente del pittore Enrico Reffo (1831-1917) e della sua Scuola.

Accanto alla nuova chiesa, come già era avvenuto a Valdocco, Don Bosco vuole subito edificare un “ospizio per i giovanetti poveri e abbandonati”. Sorge così, nel 1884, tra la chiesa e via Madama Cristina, un istituto che per i primi anni ospita adulti che aspirano alla vita salesiana. Nel 1894 l’istituto si converte in collegio, chiamato comunemente San Giovannino con scuola elementare e media. Oggi l’edificio è sede di un convitto universitario e di un oratorio, ed è diventato un punto di riferimento e di accoglienza per la comunità filippina e per gli altri immigrati che vivono nel quartiere.

La Chiesa di San Giovanni Evangelista fu colpita durante il bombardamento notturno del 13 agosto 1943 da aerei della RAF con bombe dirompenti di grosso e grossissimo calibro. A seguito del bombardamento si registrarono gravi danni alla copertura del tetto, alle vetrate, agli infissi e lesioni ai muri portanti.