Il 14 luglio 1869 viene aperta, a Villa della Regina, la Sezione classica dell’Istituto nazionale per le figlie dei militari. Aule scolastiche furono ricavate in alcuni ambienti degli appartamenti aulici e del secondo piano mentre i giardini furono utilizzati per le attività sportive e di svago delle allieve.

In occasione degli attacchi aerei delle esati del 1943 e 1944, parte del fabbricato fu distrutta e la parte rimanente vide il crollo di volte e muricci e, schiantamento degli infissi provocati da bomba dirompente e incendiaria. Nel 1942 la sede di Villa della Regina viene sfollata a causa delle offensive aeree e nell’estate del 1945 tutte le sezioni dell’Istituto, compresa quella classica, riconfluiscono nella sede di Via Figlie dei Militari 25. Alla fine del 1945 non risultavano eseguite opere di ripristino.

Dal 1948, a causa dell’inagibilità di Villa della Regina, le allieve frequentano, dopo la scuola media, istituti esterni. Nel 1982, dopo la soppressione dell’ente, la Villa ritorna al demanio pubblico e nel 2006 viene completato il restauro del sito, destinato a sede museale.