Nel quadro della politica di rafforzamento dei legami tra il potere sabaudo e le congregazioni religiose controriformiste, nel 1623 furono chiamati a Torino da Carlo Emanuele I i Minimi di San Francesco da Paola. Insediatisi lungo la strada di Po, all’epoca ancora al di fuori delle mura della città, vi innalzarono la loro chiesa nel 1633-1634. Di impianto longitudinale, con cappelle laterali affacciate su un’unica navata, l’imponente mole dell’altare maggiore a schermare il coro dei padri, la chiesa fu oggetto di generose donazioni da parte della famiglia ducale. Nel 1654 il principe cardinale Maurizio di Savoia (1593-1657) finanziò la costruzione di una cappella privata dedicata alla Madonna del Buon Soccorso, mentre Cristina di Francia, morendo nel 1663, lasciava ingenti somme per la costruzione della facciata, conclusa nel 1667, e dell’altare maggiore, progettato da Amedeo di Castellamonte e messo in opera tra il 1664-1665 dall’impresa dello scultore luganese Tommaso Carlone (†1667). Al pari di San Carlo, anche la chiesa dei Minimi divenne il centro privilegiato dell’investimento devozionale e artistico in città, non solo dei Savoia, ma soprattutto dei principali dignitari di corte, esponenti dell’alta nobiltà piemontese, che si erano assicurati la gestione delle più importanti cariche amministrative dello Stato: lo testimoniano le cappelle famigliari dei Morozzo della Rocca, dei Graneri della Roccia, dei Carron di San Tommaso, decorate tra gli anni Settanta e Novanta del Seicento con profusione di marmi, a perpetua memoria dei propri committenti.

Durante il secondo conflitto mondiale, la Chiesa di San Francesco da Paola fu colpita da bombe incendiarie durante l'incursione aerea del 13 luglio 1943. Il soffitto dell'edificio venne danneggiato, così come la copertura del tetto e gli infissi. Alla data del 27 giugno 1944, l'edificio risultava parzialmente ripristinato nelle parti lese.