L’opera nasce nel 1929 come Istituto Missionario Salesiano Rebaudengo per una donazione del conte Eugenio Rebaudengo, senatore del Regno e cooperatore salesiano. Il progetto è dell’architetto salesiano Giulio Valotti, edificatore nella stessa zona dell’Oratorio Michele Rua. Progettista di molti altri istituti e chiese tra le quali il santuario di Santa Rita. Valotti prevede la costruzione nel cortile di una caratteristica torretta. La prima pietra viene posta il 10 giugno 1929 alla presenza del cardinale di Torino Giuseppe Gamba, del prefetto generale dei salesiani don Pietro Ricaldone e del conte Rebaudengo. Nel 1930, a istituto non ancora terminato, inizia a funzionare la scuola professionale con il compito di formare i coadiutori salesiani laici che opereranno nelle scuole professionali di tutto il mondo. L’inaugurazione avviene nel 1934 alla presenza del cardinale Maurilio Fossati, del Rettor maggiore dei salesiani don Pietro Ricaldone e della principessa Maria Adelaide di Savoia. Nel 1937 viene attivata la facoltà di Filosofia e Pedagogia del Pontificio Ateneo Salesiano, trasferita a Roma nel 1958. Nel 1948 nasce il Centro di orientamento Scolastico. La scuola professionale si apre agli allievi esterni e diventa un Centro di Formazione Professionale. Nel 1989 viene aperto il collegio universitario e infine nel 2004 viene fondata la Scuola Superiore di Formazione Rebaudengo, affiliata all’Università Salesiana di Roma, che attiva Master e corsi di laurea in Psicologia della Comunicazione.

Negli anni Sessanta la Barriera di Milano è ormai satura di case ma la città è ancora in pieno sviluppo. Viene edificata intensamente anche la zona compresa tra il trincerone della ferrovia dello scalo Vanchiglia e la Stura. La Diocesi provvede a istituire nuove parrocchie e chiede ai salesiani di ospitarne una presso l’opera Rebaudengo. La parrocchia viene istituita il 1 dicembre 1966 con don Aldo Fantozzi come primo parroco e viene utilizzata come chiesa la cappella dell’istituto. Negli anni successivi viene edificata una nuova chiesa su progetto del prof. Mario Roggero che verrà consacrata dal cardinale arcivescovo di Torino Michele Pellegrino il 7 dicembre 1974. Alla parrocchia si affiancano il centro giovanile, una scuola materna e varie attrezzature per la polisportiva.

Durante le incursioni aeree del 13 luglio 1943 il soffio di una bomba dirompente provocò lo scoperchiamento del tetto e la rottura di solette sinistrando due piani dell'edificio (lato verso via Tommaso Vallauri). Nell'ottobre 1945 risultava già un parziale ripristino.