A partire dalla fine del 1942, con l’intensificarsi delle incursioni aeree alleate sulla città, l’improrogabile necessità di provvedere numerosi e più efficaci ripari per la sicurezza della cittadinanza, porta all’attenzione delle autorità cittadine anche il complesso sistema di contromina della Cittadella, abbandonato e isolato nel sottosuolo urbano dopo le demolizioni della seconda metà dell’Ottocento delle fortificazioni di superficie.
Le prime operazioni destinate ad indagare la natura del sottosuolo in vari punti della città, rintracciare le antiche gallerie e stabilire, quindi, una normativa per la progettazione delle modalità d’impiego di questa particolare tipologia di ricovero, sono eseguite con deliberazione podestarile del 3 aprile 1943.
Alla constatazione dell’effettiva permanenza e della buona conservazione di queste opere, esclusa la possibilità di farne dei ricoveri pubblici in ragione delle loro ridotte dimensioni, fa seguito l’impostazione, per delibera del 6 agosto 1943, di un primo lotto di lavori di ricerca e successiva sistemazione come ricoveri casalinghi di PAA, in grado di ospitare circa 1500 persone, per lo più abitanti degli stabili ad essi soprastanti.
Verificata l’effettiva predisposizione delle strutture alla trasformazione in un efficace ricovero privato, a fronte di una spesa relativamente modesta, viene intrapreso, con altra delibera del 13 marzo 1944, un secondo lotto di interventi esteso a tutti i diversi settori delle contromine a conclusione del quale risultano serviti circa 150 stabili, per una capacità ricettiva di circa 6098 persone, per una spesa complessiva di L. 1.500.000. Gli ingressi ai rifugi sono chiusi nel 1945.

Le opere per l’adeguamento a rifugio non hanno provocato, in generale, sensibili alterazioni al patrimonio sotterraneo. Anzi, hanno costituito uno degli elementi alla base del successivo recupero archeologico. I principali interventi di carattere strutturale, dopo le prime operazioni di individuazione, sondaggio e parziale sgombero dei settori trasformati in discarica per i materiali di risulta prodotti dai cantieri edili della seconda metà dell’Ottocento, sono infatti esterni ai percorsi sotterranei. Essi consistono nell’apertura di passaggi fra i vani scantinati dei palazzi per favorire l’afflusso alle scale d’accesso ad una cella antiricovero, con protezione antisoffio, dalla quale si passa al tratto di galleria adibita a ricovero, dotata di uscite di sicurezza a pozzo sfalsate e schermate. Completano l’apparato gli impianti di illuminazione, aerazione, igienici e di pronto soccorso. Dentro le gallerie erano collocate le linee elettriche e, lungo una delle pareti, le panche di legno di cui sono visibili i fori d’innesto nella muratura. Cancelli in ferro delimitavano le pertinenze dei singoli gruppi di stabili. In superficie il ricovero casalingo è segnalato da una “R” bianca nei pressi dell’ingresso.
Questa fase recente di impiego delle contromine è oggi oggetto di studio e valorizzazione da parte del Museo Pietro Micca e della Associazione omonima ed è parzialmente visitabile all’interno dei percorsi museali sotterranei.