L’edificio che oggi ospita la Fondazione 1563 venne costruito tra il 1890 e il 1893 su progetto dell’ingegnere Giuseppe Davicini (1851-1892) e proseguito fino alla conclusione dal fratello Attilio. La nuova costruzione veniva incontro alle necessità dell’ente Opere Pie di San Paolo di un edificio appositamente progettato per l’educazione. Il vecchio palazzo situato in via Maria Vittoria risultava infatti in cattive condizioni e ormai inadeguato per l’incremento degli alunni, conseguente la legge Casati del 1859 sull’obbligatorietà della scuola primaria.

Il nuovo Educatorio Duchessa Isabella, dedicato all’educazione delle fanciulle e pensato in base alle nuove norme tecnico igieniche per la costruzione degli edifici scolastici (1888), venne costruito nella Barriera di Francia, in una delle parti più salubri di Torino a 252 metri sul livello del mare, in prospetto da una parte verso le Alpi e dall’altra verso la Basilica di Superga. Allora intorno era ancora tutta campagna ma due “tranvai” elettrici portano in centro città.

Il 15 aprile 1890 venne posata la prima pietra con cerimonia cui presenziò la Duchessa di Genova, Isabella di Savoia Wittelsbach, cui l’Educatorio venne poi intitolato. L’edifico constava di un fabbricato principale, con ingresso, direzione e locali d’uso generale, di tre padiglioni dedicati alle scuole e ai dormitori, e di un’ala longitudinale che univa i tre edifici, separati da cortili e prospicienti il giardino. Tutti i locali abitati dalle fanciulle e dal personale erano rivolti a sud e nessuno dei locali per le allieve si affacciava sulla strada. Le cucine sotterranee erano unite al refettorio da un ascensore idraulico, al primo piano del fabbricato principale si trovava l’Oratorio e la sacrestia e al secondo piano l’infermeria e i gabinetti medici. Nel giardino trovava posto il piccolo edificio dell’Asilo Froebelliano con un’estensione complessiva del costruito di circa 6.000 mq, cento ambienti e un ampio giardino di 9200 mq. L’Educatorio partecipò nella “Divisione Arti Liberali – Didattica” all’Esposizione generale italiana tenutasi a Torino del 1898 per le celebrazioni del 50° dello Statuto Albertino e all’Esposizione internazionale del 1911 per il 50° dell’Unità d’Italia: in quelle occasioni furono realizzate campagne fotografiche che documentano ampiamente gli esterni e gli interni del palazzo, oltre ai gruppi delle allieve e ai singoli loro ritratti in divisa invernale e estiva.

I pesanti bombardamenti anglo americani su Torino del 1942 colpirono il complesso con gravi distruzioni e danneggiamenti. Nel 1960 i fabbricati con affaccio su via Duchessa Jolanda e via Goffredo Casalis vennero ricostruiti e adibiti a edilizia scolastica e abitativa; l’edificio non era vincolato e la ricostruzione avvenne senza attenzione allo stile eclettico originario del complesso.

Il restauro a opera della Compagnia di San Paolo (anni 2009/2015) ha riportato a nuova vita l’edificio, destinandolo a sede di propri uffici operativi e degli enti strumentali, con il ripristino del prospetto sulla piazza, il recupero di alcuni ambienti monumentali del primo e del secondo piano e la rifunzionalizzazione degli ambienti destinati ad uffici, compresi il nuovo tetto e i sottotetti.

La Fondazione 1563, dall’anno 2015, ha dunque sede in piazza Gian Lorenzo Bernini, nell’ottocentesco palazzo dell’ex Educatorio Duchessa Isabella, presso il quale è esposto in forma permanente il ciclo pittorico seicentesco dell’antico Oratorio della Compagnia di San Paolo (1). Inoltre l’Archivio Storico della Compagnia di San Paolo nel 2014 ha lasciato la storica sede di Vigna di Madama Reale, riunendo in un solo edificio, dotato di moderni depositi, l’intero patrimonio documentale (2).

Succursale, assieme alla media di via Vigone 63, della Drovetti (1776-1852, diplomatico, esploratore e collezionista italiano), la Pascoli (1855-1912, poeta italiano) ha la propria sede in una parte dell'edificio tardo  ottocentesco, il complesso dell'educatorio, che si affaccia su piazza Bernini e via Duchessa Jolanda. L’edificio, oltre ad alcuni spazi di supporto alla normale attività didattica, ospita due palestre. Durante la I Guerra Mondiale l'Istituto viene adibito ad ospedale militare mentre nel 1926 alcuni locali sono utilizzati dall'Istituto Magistrale Berti; nel 1942 un bombardamento distrugge una parte della costruzione, ma la parte che si affaccia sulla piazza subisce danni limitati. Proprio in quegli anni, vi si stabilisce la scuola media statale Giovanni Pascoli. Storica realtà scolastica della zona Cenisia e con un bacino d’utenza che proviene anche da zona S. Paolo e Cit Turin, oltre che da borgata Campidoglio, la Pascoli gode di una posizione di primo piano all’interno del polo formativo che in zona è costituito dalla Magistrale Berti e dal Liceo Classico Cavour, senza dimenticare la media Nigra.

Nel 2017 la Compagnia di San Paolo e la Fondazione Agnelli hanno annunciato i vincitori dei due bandi del concorso di architettura «Torino fa scuola», progetto nato in collaborazione con la Città e la Fondazione per la scuola. Il concorso ha come oggetto la realizzazione di ambienti di apprendimento innovativi nelle scuole medie torinesi Enrico Fermi, di piazza Giacomini nel quartiere Lingotto, e Giovanni Pascoli di via Duchessa Jolanda nel quartiere Cit Turin.