La villa risale ai prini anni del '600 e di quell'epoca probabilmente rimangono il piazzale semicircolare col muro ornato di statue che sostiene il terrapieno retrostante il palazzo e l'elegante belvedere. Nel 1633 apparteneva a Ludovico d'Agliè e a suo nipote Filippo, ai quali Madama Reale, Maria Cristina di Borbone,  delegava la politica con la natia Francia.
A Filippo, in particolare, venne affidata l'orchestrazione della brillante vita di Corte, e conquistò la fiducia della Madama Reale fino a diventarne il favorito. La villa era quasi confinante con la villa di Madama Reale e ancora è presente il portoncino che metteva in comunicazione le due proprietà.
Filippo e Cristina si erano conosciuti a Cherasco nel 1630, quando il giovane ventiseienne era al seguito del Cardinale Maurizio e si presentava con l'aria di «uno spirituale adolescente bello di viso e di corpo», ma solo a partire dal 1637, cioè all'inizio della sua vedovanza, Madama Reale si legò a lui.
Filippo venne poi imprigionato in Francia dal Cardinale Richelieu che provava nei suoi confronti una forte ostilità. Rientrò a Torino nel 1643. Alla morte di Cristina nel 1663, Filippo trascorse gli ultimi anni della sua vita proprio nella  villa di Valsalice. Alla sua morte nel 1667 volle essere sepolto nel convento dei Cappuccini e la villa passò per eredità al potente abate d'Agliè.

La villa fu coinvolta nelle vicende dell'assedio del 1706: «Li francesi dalla Montagna si son fatti vedere alla vigna del S. R. Abbate d'Agliè, ma sono stati subito accolti col cerimoniale del cannone dalli fortini di Montagna, onde senz'altro se ne sono ritornati» (Soleri, diario). Nelle redazioni dell'assedio è chiamata Saint Germain dal feudo che era stato appannaggio di Filippo.

Per via ereditaria la villa rimase alla famiglia dei San Martino Agliè di San Germano, ultimi epigoni di Re Arduino,  per più di due secoli. Dalla metà dell' 800 fu venduta a Casimiro Rivoira, poi a Antonio Fornaca ed infine al principe di Lucinge.

Nel 1887 subentrarono i coniugi Isnardon e all'inizio del Novecento Sir Walter Friedrich Becker, diplomatico, Grand'Ufficiale dell'Impero Britannico e della Corona del Siam e importante uomo d’affari inglese, innamorato dell'Italia  acquistò la villa, ne fece la sua dimora. E qui morì all'età di 73 anni. Fu proprio lui che, nel primo decennio del '900, affidò i lavori di ristrutturazione al prestigioso architetto torinese Pietro Fenoglio, considerato tra i principali interpreti del Liberty torinese.

La dimora venne citata in alcune lettere  di David Herbert Lawrence,  invitato in  villa nel 1919. Ne rimase stupefatto per la sua bellezza e probabilmente trasse ispirazione dai proprietari, i signori Becker,  per i personaggi dei coniugi Franks presenti nel  suo libro Aaron's Rod, e  descrisse la loro casa ispirandosi proprio a Villa Becker.

Nel 1927 alla morte di Walter Becker, la villa venne ereditata dalla moglie Delphine, che si sposò successivamente con il marchese Demetrio Imperiali dei Principi di Francavilla, di una nobile famiglia di origini napoletane. Le ultime testimonianze ufficiali della dimora si hanno dalla figlia di Demetrio, Caterina Elena Maria Imperiali dei Principi di Francavilla, in arte conosciuta come Katye Boyle (celebre conduttrice televisiva e attrice britannica) che amava soggiornarvi e che la descrisse in modo molto vivo nella sua biografia pubblicata nel 1980 a Londra.

Tra la fine degli anni 80 e inizi degli anni 90 iniziò il declino della villa, che  venne in seguito messa in vendita dai proprietari. Purtroppo  negli ultimi anni si sono ripetuti  numerosi atti vandalici e  incendi; questi ultimi hanno danneggiato il sottotetto e causato il crollo del soffitto di alcune stanze, spingendo la Soprintendenza del Piemonte a esigere dalla proprietà privata interventi di messa in sicurezza dell'edificio e di contrasto alle intrusioni, non escludendo l'esproprio in caso di ulteriori inadempienze.